一、存在的问题
近年来，随着市场经济的发展和改革的逐步推进，的部门利益问题日益突出。在决策或履行职能过程中，有些部门过多从本部门利益出发，过于强调、维护与谋取本部门利益，影响了决策的战略性、全局性和前瞻性，损害了社会公正与大众利益，增添了国家经济及政治风险 。
2005年，央行建议取消房屋预售制度，建设部说商品房预售适合中国国情，不能取消；国家发改委说教育乱收费200亿元，某部委说没有这回事。2006年,文化部启动“全国卡拉OK内容管理服务系统”，而国家版权局公布《卡拉OK经营行业版权使用收费标准》。文化部与版权局对KTV收费管理的争夺，非常明显。
食品加工行业也是“铁路警察，各管一段”。种子、养殖是农业、林业和水产部门管；生产环节是质量检测部门管；流通领域是工商局管；销售领域是卫生部门管。我国的食品安全监管体制一直在改革调整中，但从目前食品安全监管的总体情况看，食品安全监管体制依然不顺。食品安全监管部门监管环节多，政出多门，多头执法，监管职能交叉重叠，监管资源分散，统一、高效、权威的食品安全监管格局尚未形成。众多部门之间互有交叉、重复地段，有利可图的就都愿意管，无利可图就监管有限。
医疗体制涉及劳动和社会保障部，基础建设、药价、医疗收费涉及发改委，日常经费投入和维持医院的运转涉及财政部，医疗救助涉及民政部，医疗人才培养包括附属医院的管理涉及教育部，医疗市场、药品质量还有医疗广告的管理涉及工商局，共有11家部门之多。如果11个部门之间的利益协调不能有效解决，看病难、看病贵的问题恐怕还是难以解决。
随着分税制改革以来中央权力的集中，权力部门管理权限的上收，出现了垂直管理部门追求部门“双重利益”的问题。一方面，这些部门在中央追求部门利益最大化，另一方面，他们还利用中央给予的权力，在地方追求部门利益最大化，使部门利益“双重膨胀”。
政府分管领导在部门利益争夺中所扮演的角色。部门利益的争夺，说到底就是权力的争夺，而权力争夺的背后，是政府分管领导能够掌握多大的权力，分配多大的利益。
二、原因及危害
随着市场经济的发展，特别是政府与市场关系的调整，政府在市场竞争领域的退出步伐逐渐加快，政府对经济的干预逐步弱化，部门的职能、权力范围在调整中有所缩小。在这样的情况下，一些部门为了“维护”自己的“权威”，开始强化手中的权力，把权力的着力点放在了部门利益的争夺和使用上，再通过部门利益的使用巩固部门的权力、维护部门的地位。
由于部门不顾全局利益，不顾整体利益，过度强调部门利益、部门权力的得失，使得政府职能严重分化，政府作用受到削弱，由部门履行的政府行为严重不规范。政府职能成为部门的“权力专利”，政府行为变成了部门的“利益机器”，政府服务变成了部门的“制约手段”，在政府进行宏观决策、制定政策、出台改革措施中，始终受到部门意志的影响与制约。
政府是由一个一个的部门组成的，政府的职能也分散在各个部门。部门只是政府的一个部分，承担着政府的某一方面的职能。部门履行职能、行使职权，依据的是政府的行政权力，而不是部门的权力。部门行使权力如果超越政府授权，就是越权或滥用权力。部门如果成为一个个“独立王国”，那么，政府就会变得四分五裂，也将不成其为政府，政府的效率、功能将大大降低。
三、对策
第一，各级政府及部门要树立正确的权利（力）观。各级政府及部门的的权力是人民授予的，“权力取之于，各级政府及部门要用之于民”。要把人民授予的权力用来解决民生问题，用来维护人民的权益，用来提升社会进步，用来促进经济发展。
第二，各级政府及部门要有全局观念。衡量政府及部门工作的标准是“人民群众高兴不高兴、满意不满意、答应不答应”， 政府及部门的各项工作和改革都要坚持这一标准，凡是符合这一标准的工作和改革各级政府及部门都要站在全局的高度加以支持，不能考虑部门利益的分配是否公平公正。
第三，国家要站在全局的高度对民生问题给予注意。大政策的出台要避免部门利益，综合性的改革不是一个部门的问题，需要中央成立高层次的专门机构，下设有全局视野和能力的执行机构，以摈弃部门利益，统一领导经济和科技体制以及其他方面的综合改革。
第四，加快推进政治体制改革，加快推进干部人事制度改革，从行政权力的使用上规范部门的利益行为。如果政治体制改革不到位，如果干部人事制度改革不落实，政府领导的行为不规范，要想解决部门利益膨胀的问题，恐怕就会成为无源之水、无本之木。
第五，实行严格的问责制。对利用职权追求部门利益最大化的各级政府及部门要问责；对在监管中相互推卸责任、不作为造成社会影响的政府及部门要问责；对关系民生问题的改革措施从政府及部门出发阻挠改革，影响改革进程的政府及部门要问责；对越权或滥用权力干扰有关职能部门正常履行工作开展的政府及部门要问责；对政府及部门有关领导不顾大局，对上有政策，下有对策，争夺某一行政区域或部门利益的有关领导要问责。 | 
